Bert Bakker studeerde geneeskunde aan de Rijksuniversiteit Groningen, van 1967-1974.
Daarna van volgde de opleiding tot internist in het Rode Kruis Ziekenhuis te Beverwijk en het Zuiderziekenhuis Rotterdam. In 1980 werd hij benoemd tot chef de clinique in het Zuiderziekenhuis te Rotterdam
Van 1981 tot 2008 werkte hij als internist/hoofd medisch centrum in het APZ Duin en Bosch, wat later het GGZ Dijk en Duin werd. In 2008 vertrok hij naar Castricum waar hij internist/hoofd medisch centrum Zorgservice van de ParnassiaBavoGroep.
Bert Bakker heeft geen financiële banden met de farmaceutische industrie.