Gerda de Kuijper begon haar carrière in 1982 als huisarts en arts in de jeugdgezondheidszorg. Vanaf 1992 werkte ze als arts verstandelijke gehandicapten (arts VG) in een LVB kinder- en jeugdpsychiatrische instelling en in een instelling voor VB.
Vanaf 2002 werkte ze vanuit de VB zorg op een polikliniek en observatie- en behandelcentrum voor volwassenen en kinderen met een VB en ernstige gedrags-en/of functioneringsproblemen. Vanaf 2010 combineerde ze dit met werk op een GGZ-polikliniek voor mensen met VB en psychiatrische problemen. Vanaf 2008 voerde ze een wetenschappelijk promotieonderzoek uit naar off-label antipsychoticagebruik bij mensen met VB; in 2013 afgesloten met haar promotie.
Sindsdien combineert ze werk als wetenschappelijk onderzoeker met werken als arts VG in de praktijk; vanaf 2019 voornamelijk als onderzoeker in de mede door haar opgerichte Academische Werkplaats Verstandelijke Beperking en Geestelijke Gezondheid (vbgg.nl)