Maarten Merkx is verbonden aan Habit Pro, een onderwijsinstelling voor scholing en training in motiverende gespreksvoering en cognitieve gedragstherapie bij problematisch middelengebruik en gokken. Hij is één van de redacteuren van het Nederlandse handboek Cognitieve Gedragstherapie bij middelengebruik en gokken. Daarnaast is hij verbonden als onderzoeker aan het AMC-psychiatrie, afdeling verslavingsonderzoek en als psychotherapeut/cognitief gedragstherapeut VGCt bij Grip Psychologenpraktijk. Hij promoveert in de loop van 2016 op het onderwerp “Indicatiestelling in de Verslavingszorg”.