Een van de meest voorkomende bijwerkingen van lithium wordt veroorzaakt door zijn remmende werking op de schildklier. Subklinische en klinische hypothyreoïdie komen het meest voor, waarbij de prevalentie kan oplopen tot 41,3%. De incidentie is het hoogst in de eerste twee tot drie jaar van behandeling. Risicofactoren voor het ontwikkelen van een hypothyreoïdie tijdens lithium zijn vrouwelijk geslacht, oudere leeftijd, familiaire belasting, eerdere behandeling voor hyperthyreoïdie, aanwezigheid van schildklierantilichamen en waarschijnlijk ook voldoende jodiumintake. Mogelijk dat lithium ook thyreotoxicose kan veroorzaken waarvan de incidentie iets hoger is dan in de algemene bevolking. Struma kan eveneens ontstaan tijdens lithiumbehandeling, soms al na enkele maanden. De behandeling van schildklieraandoeningen tijdens lithium is niet anders dan bij patiënten die geen lithium gebruiken. Er is geen duidelijkheid omtrent de behandeling van een euthyreoot struma tijdens lithium. Een schildklieraandoening kan nooit de reden zijn om een succesvolle behandeling met lithium te staken. Gezien de hoge prevalentie van schildklieraandoeningen tijdens lithium is screening van groot belang.